พงศกร เลาหวิเชียร เริ่มเข้ารับราชการประจำแผนกกฎหมาย สำนักงานปลัดกระทรวงคมนาคม ในปี พ.ศ. 2506 เคยดำรงตำแหน่งรองประธานกรรมการบริษัท ขนส่ง จำกัด และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมการขนส่งทางบก จนเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2542

ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2544 ได้ลงสมัครสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ในระบบบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 18 ของพรรคชาติไทย แต่ไม่ได้รับเลือกเป็น ส.ส. ต่อมาในรัฐบาลของพันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตร จึงได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม